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http://repositorioinstitucional.uea.edu.br//handle/riuea/1478| Título: | Filogenia do complexo Synallaxis rutilans Temminck, 1823 (Alves: Passeriformes: Furnariidae), utilizando representação reduzida do genoma por captura de sequência |
| Título(s) alternativo(s): | Phylogeny of the Synallaxis rutilans complex Temminck, 1823 (Alves: Passeriformes: Furnariidae), using reduced genome representation by sequence capture |
| Autor(es): | Barbosa, Waleska Elizangela dos Santos |
| Palavras-chave: | Filogenômica;Coalescência;Furnariidae |
| Data do documento: | 11-Dez-2017 |
| Editor: | Universidade do Estado do Amazonas |
| Citação: | BARBOSA, Waleska Elizangela dos Santos. Filogenia do complexo Synallaxis rutilans Temminck, 1823 (Alves: Passeriformes: Furnariidae), utilizando representação reduzida do genoma por captura de sequência. Manaus: Universidade do Estado do Amazonas, 2017. |
| Abstract: | Morphology does not always represent all the diversity of a group, such diversity can be revealed through genetic studies, which can help in solving unresolved taxonomies and reveal the evolutionary history of organisms. Synallaxis rutilans is a complex of species that belongs to the family Furnariidae, one of the most complex among the Passeriformes, and for which no phylogeny was proposed that represents its evolutionary units. This complex was the subject of a recent systematic review, using morphological data, and a systematic molecular study of two mitochondrial genes. In the morphological study, three taxa are recognized: S. r. rutilans S. r. amazonica and S. r. omissa, being that S. r.omissa is distinguished by its distribution being restricted to the area of endemism Belém and its plumage is more differentiated from the others, by these factors it was proposed that this taxon be recognized as a species. The results of the molecular systematics study revealed seven lineages in the S. rutilans complex, with their distribution delimited by the main tributaries of the Amazon basin, and the S. r. omissa lineage embedded within the lineages of S. r. rutilans. In this study, we use the flanking regions of the ultra conserved elements of the genome by the sequence capture method, perform population structure and coalescence analyzes to generate species trees and obtain a more robust phylogeny. An average of 2234 UCE loci per sample was obtained, these 1405 loci have at least 1 informational site. A population structure revealed an existence of two large groups, one to the North and one to the South of the Amazon River. Bayesian inference recovered a phylogeny with three main clades, two Northern Amazonian lineages, two lineages to the east and three lineages to the west of the Xingu River. Revealing that the lineages that occur south of the Amazon River have a complex evolutionary history that needs to be investigated in greater detail. |
| Descrição: | A morfologia nem sempre representa toda a diversidade genética de um grupo, tal diversidade pode ser revelada por meio de estudos genéticos, que podem auxiliar na resolução de taxonomias ainda não resolvidas e revelar a história evolutiva dos organismos. Synallaxis rutilans é um complexo de espécies que pertence à família Furnariidae, uma das mais complexas e numerosas dentre os Passeriformes, e ainda não possui uma filogenia que represente suas unidades evolutivas. Este complexo foi alvo de uma revisão sistemática recente, utilizando dados morfológicos, e um estudo de sistemática molecular utilizando dois genes mitocondriais. No estudo morfológico, são reconhecidos três táxons: S. r. rutilans, S. r. amazonica e S. r. omissa, sendo que S. r. omissa se distingue por sua distribuição restrita à área de endemismo Belém e por possuir uma plumagem mais diferenciada quando comparada aos outros táxons do grupo, por esses fatores foi proposto que este táxon seja elevado à categoria de espécie. No estudo de sistemática molecular os resultados revelaram sete linhagens no complexo S. rutilans, tendo sua distribuição delimitada pelos principais afluentes da bacia Amazônica, e a linhagem de omissa encontra-se dentro da diversificação de rutilans, comparado aos dados morfológicos, as linhagens moleculares não formam clados monofiléticos. Neste estudo utilizando as regiões flanqueadoras dos elementos ultra conservados do genoma, pelo método de captura de sequência, fizemos análises de estrutura populacional e de coalescência para gerar árvores de espécies e obter uma filogenia mais robusta. Obteve-se em média um valor de 2234 loci UCE por amostra, destes, ~1405 loci tem pelo menos 1 sítio informativo. A estrutura populacional revelou a existência de dois grandes grupos, um ao Norte, e outro ao Sul do rio Amazonas. A inferência Bayesiana recuperou uma filogenia com três clados principais, duas linhagens ao Norte do rio Amazonas, duas linhagens a Leste e três linhagens a Oeste do rio Xingu. As árvores de espécies geradas a partir de SNPs e de sequências, não são totalmente concordantes entre si, e com a árvore de inferência bayesiana. Revelando que as linhagens que ocorrem ao Sul do rio Amazonas possuem uma complexa história evolutiva que precisa ser investigada com maiores detalhes. |
| URI: | http://repositorioinstitucional.uea.edu.br//handle/riuea/1478 |
| Aparece nas coleções: | ENS - Trabalho de Conclusão de Curso de Graduação |
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| Filogenia do complexo Synallaxis rutilans Temminck, 1823 (Alves - Passeriformes - Furnariidae), utilizando representação reduzida do genoma por captura de sequência.pdf | 1,45 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |
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